產(chǎn)品名稱:標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì) NIST RM 8391(QTY10) - 人類DNA用于全基因組變異評(píng)估(東歐德系猶太人血統(tǒng)之子)(HG-002)
英文名稱:Human DNA for Whole-Genome Variant Assessment (Son of Eastern European Ashkenazi Jewish Ancestry) (HG-002)
品牌:美國(guó)NIST標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)
運(yùn)輸信息:干冰
產(chǎn)品編號(hào) | 規(guī)格 | 貨期 | 銷售價(jià) | 您的折扣價(jià) |
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RM 8391(QTY10) | 10 vials of RM 8391 | 6周 | 39135 | 立即咨詢 |
RM 8391(QTY10) 人類DNA全基因組變異評(píng)估 標(biāo)準(zhǔn)品旨在用于驗(yàn)證、優(yōu)化和過(guò)程評(píng)估目的。它由來(lái)自個(gè)人基因組計(jì)劃 (ID huAA53E0) 的東歐德系猶太人血統(tǒng)的男性全.人類基因組樣本組成,可用于評(píng)估基因組測(cè)序中變異調(diào)用的性能。
該材料旨在通過(guò)獲得真陽(yáng)性、假陽(yáng)性和假陰性的估計(jì)值來(lái)評(píng)估人類基因組測(cè)序變異檢出的性能。測(cè)序應(yīng)用可能包括全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序和更有針對(duì)性的測(cè)序,例如基因組。這種基因組 DNA 的分析方式與實(shí)驗(yàn)室處理和分析提取的 DNA 的任何其他樣本相同。由于 RM 是提取的 DNA,因此它對(duì)于評(píng)估 DNA 提取等分析前步驟沒(méi)有用處,但它確實(shí)挑戰(zhàn)了測(cè)序文庫(kù)的制備、測(cè)序機(jī)器以及作圖、比對(duì)和變異調(diào)用的生物信息學(xué)步驟。此 RM 并非旨在評(píng)估后續(xù)的生物信息學(xué)步驟,例如功能或臨床解釋。
規(guī)格:
RM 8391(QTY10) 人類DNA全基因組變異評(píng)估 標(biāo)準(zhǔn)品由一個(gè)小瓶組成,該小瓶含有從 Coriell 醫(yī)學(xué)研究所(新澤西州卡姆登)的人類淋巴母細(xì)胞系 GM24385(標(biāo)記為 HG-002)的單個(gè)大型生長(zhǎng)中提取的人類基因組 DNA。該小瓶含有大約 10 μg 基因組 DNA,DNA 位于 TE 緩沖液(10 mM TRIS,1 mM EDTA,pH 8.0)中。
信息值:
為單核苷酸變異 (SNV)、小插入和缺失 (indel) 以及純合參考基因型提供信息值。使用參考文獻(xiàn) 1 中描述的方法,v3.3.2 基準(zhǔn)集涵蓋了大約 88% 的 GRCh37 組件和 85% 的 GRCh38 組件(不包括組件中的間隙)。信息值被認(rèn)為是感興趣的值,并且RM 用戶使用,但沒(méi)有足夠的信息來(lái)評(píng)估與該值相關(guān)的不確定性。我們使用當(dāng)前可用的數(shù)據(jù)和方法描述和傳播我們對(duì)基因型的最佳、最自信的估計(jì)。隨著新數(shù)據(jù)的積累以及測(cè)量和信息學(xué)方法的出現(xiàn),這些數(shù)據(jù)和基因組特征將隨著時(shí)間的推移而得到維護(hù)。 HG-002 的數(shù)據(jù)可在國(guó)家癌癥研究中心的 BioSample SAMN03283347 下找到生物技術(shù)信息 (NCBI) 序列讀取存檔。信息值以變體調(diào)用文件 (vcf) 的形式給出,其中包含基準(zhǔn) SNV 和小插入缺失,以及一個(gè)制表符分隔的“床"文件,該文件描述了基準(zhǔn)區(qū)域,其中任何不在基準(zhǔn) vcf 中的其他變體都應(yīng)該是錯(cuò)誤。信息值不能用于建立計(jì)量溯源性。
標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì) NIST RM 8375 - 用于測(cè)序性能評(píng)估的微生物基因組DNA標(biāo)準(zhǔn)(mg-001,MG-002,MG-003,MG-004)
標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì) NIST RM 8391 - 人類DNA用于全基因組變異評(píng)估(東歐德系猶太人血統(tǒng)之子)(HG-002)
標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì) NIST RM 8392 - 人類dna用于全基因組變異評(píng)估(東歐德系猶太人血統(tǒng)家族三重奏)(HG-002,HG-003,HG-004)
標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì) NIST RM 8393 - 人類DNA全基因組變異鑒定(中國(guó)血統(tǒng)之子)(HG-005)